Wysoka aktywność nerwowa wspomaga proces leczenia po udarze. Niestety, uszkodzony obszar jest często poddawany tłumieniu sygnałów ze zdrowej półkuli mózgowej, która jest nadpobudliwa z powodu kompensacji. Zabiegi TMS zwykle pośrednio wspierają funkcjonalność neuronów w dotkniętym obszarze poprzez hamowanie nadaktywnej półkuli lub przez bezpośrednie stymulowanie obu półkul, synchronicznie aktywując dotkniętą półkulę.