Najbardziej rozpowszechniona forma depresji wykazuje typowy wzorzec aktywności w mózgu: neurony w lewej korze przedczołowej są hamowane, podczas gdy neurony w prawej korze przedczołowej są nadmiernie aktywne. Typowe aplikacje TMS aktywują lewe obszary przedczołowe. Terapia TMS jest szczególnie przydatna, gdy leczenie medyczne nie zakończyło się sukcesem lub nie jest możliwe a terapia elektrowstrząsami nie jest jeszcze możliwa. TMS można również stosować w połączeniu z tradycyjnymi metodami leczenia.