Bei den klinisch häufigsten Depressionen zeigt sich ein charakteristisches Aktivitätsmuster im Gehirn: Neuronen im linken präfrontalen Cortex feuern abgeschwächt, Neuronen im rechten präfrontalen Cortex verstärkt. Entsprechende TMS-Anwendungen aktivieren linke präfrontale Areale. Eine TMS-Behandlung bietet sich besonders dann an, wenn medikamentöse Therapien wirkungslos geblieben sind oder nicht in Frage kommen und eine Elektrokrampftherapie noch nicht in Frage kommt. Die TMS kann auch als Ergänzung zu herkömmlichen Behandlungsmethoden eingesetzt werden.