Geschädigte Funktionen regenerieren, indem Nervengewebe sich neu vernetzt. Ein hoher Aktivitätspegel unterstützt die Genesung. Ungünstigerweise ist das verletzte Areal oft dämpfenden Signalen aus der gesunden Hirnhälfte ausgesetzt, weil dort das spiegelbildliche Areal kompensatorisch übererregt ist. TMS-Verfahren fördern die Neuronentätigkeit im geschädigten Gebiet meist indirekt durch Hemmung dieser spiegelbildlichen Überaktivität, manchmal auch durch direkte Anregung oder eine Kombination beider Methoden.