Neuropathische Schmerzen wie zum Beispiel Trigeminusneuralgie oder Phantomgliedschmerzen entstehen im Nervensystem selbst. Meist wird diese Form des Schmerzes durch aktivierende Stimulation der motorischen Hirnrinde behandelt. Eine Schmerzlinderung tritt oft bereits nach der ersten TMS-Behandlung ein und kann mehrere Wochen anhalten. Auch für die Fibromyalgie ist die TMS-Therapie einsetzbar.